از جمله مباحث جدی در کلام جدید، تحلیل رابطه ایمان و معرفت است. با وجود اینکه این مسئله در تاریخ کلام مسیحی متولد شده است، در میان مسلمانان نیز با انگیزه‌ها و بیان‌های متفاوت مطرح بوده است. کتاب هستی شناسی ایمان تلاش کرده است این مسئله را با رویکردی متفاوت تحلیل کند.
در این کتاب پس از تمایز میان تصدیق منطقی و تصدیق قلبی، نقش اراده در هرکدام روشن شده است. همچنین پس از بررسی دیدگاه‌های مختلف درباره رابطه ایمان و معرفت و عمل، برای ضرورت حضور معرفت در ایمان، پنج استدلال اقامه شده است. از جمله اینکه ایمان، از اقسام تصدیق قلبی است و تصدیق قلبی بدون تصدیق منطقی غیرممکن است.
بخشی از کتاب به نقد آرای اصلی مخالفان ابتنای ایمان بر معرفت اختصاص دارد. از میان این افراد، کرکگور به عنوان نماینده ایمان‌گرایی افراطی، سیدبن طاووس نماینده تفکر ایمان فطری، غزالی نماینده مخالفت جدی با روش کلامی در ایمان انتخاب شده‌اند. در خلال بحث دیدگاه آقایان سروش، شبستری و خرمشاهی نیز بررسی شده است.
فصل هفتم کتاب درباره نقدهای معرفت‌شناختی بر ابتنای ایمان بر برهان است. که برخی از استدلال‌های آن در دفاع از مبناگروی برای نخستین بار مطرح شده است. رابطه گریزناپذیری و واقعیت، معیار اعتبار برهان، جایگاه پذیرش عمومی در اعتبار برهان برخی از سرخط‌های این فصل هستند.
فصل هشتم و نهم کتاب به رابطه ایمان و شک در متون دینی پرداخته است. در این دو فصل روشن شده است، در متون دینی بین سوال و شک تفاوت نهاده شده و هیچگاه شک در ایمان ستایش نشده است. همچنین الگوی معصومان (ع) در مواجهه با ایمان مردم نیز بررسی شده است. بسیاری از مخالفان ابتنای ایمان بر معرفت، به روش معصومین (ع) استناد کرده‌اند که فصل آخر کتاب به بررسی این ادعا در دل متون دینی اختصاص دارد.