مؤسسۀ پژوهشی حکمت و فلسفۀ ایران به منظور پاسخگویی به نیازهای پژوهشی کشور در زمینه‌­های فلسفه، حکمت و دانشهای مرتبط  تأسیس شده است. این مؤسسه پیش از این در قالب دو پژوهشکدۀ "حکمت و ادیان" و "تاریخ و فلسفۀ علم" فعالیت می­کرد که بر اساس مصوبۀ شورای گسترش آموزش عالی به تاریخ خردادماه 1380 در ساختار جدید به فعالیت خود ادامه می­دهد.

اهداف مؤسسه:
1. کمک به توسعۀ پژوهش در زمینه­ های حکمت اسلامی، فلسفۀ غرب، کلام، ادیان و عرفان، فلسفۀ تطبیقی، منطق، تاریخ و فلسفه علم، مطالعات علم و فلسفه دین؛
2. زمینه­ سازی مناسب برای ارتقای فعالیت‌های پژوهشی فلسفی و نظری در کشور؛
3. بررسی و شناسایی شاخه­ های نوین فلسفه و معرفی آن‌ها در کشور؛
4. طرح مسائل سنتی فلسفه و رشته­ های مرتبط به روشی جدید؛
5. کوشش برای احیای جایگاه ویژۀ ایران در فلسفۀ اسلامی و فلسفه به صورت کلی؛
6. کوشش برای نشر فرهنگ فکر و اندیشۀ فلسفی و منطقی در جامعه و ارتقای سطح دانش و بینش اسلامی.

7. پرداختن به دانشهای میان‌رشته‌ای بین فلسفه و علوم دیگر.

8. همکاری‌های بین المللی با مراکز فلسفی و مؤسسات مشابه در جهان و برگزاری همایشهای علمی و تخصصی و جلسات بحث و سخنرانی داخلی و بین المللی در موضوعات مرتبط با فلسفه و حکمت در چارچوب مقررات و ضوابط.

9.چاپ و انتشار فصلنامه و کتب و نشریات تخصصی با رعایت قوانین و مقررات و ضوابط مربوط.

10. ایجاد ارتباط مستمر با مراکز تحقیقاتی داخلی و خارجی فعال در این زمینه در چارچوب قوانین و مقررات و ضوابط کشور

وظایف مؤسسه:

2. پرداختن به دانش‌های میان­ رشته­ ای بین فلسفه و دیگر علوم، 

3. تصحیح و ترجمه و تألیف متون فلسفی،عرفانی و کلامی به زبان‌های فارسی و خارجی،

4. همکاری با مراکز فلسفی و مؤسسات مشابه در جهان، 

5.جذب نخبگان و پژوهشگران ممتاز و برجستۀ داخل و خارج

6. چاپ و انتشار فصلنامه و کتب و نشریات تخصصی هستند.

ارکان مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران:

هیئت امنا، رئیس و  شورای پژوهشی هستند. هیئت امنا از وزیر علوم، تحقیقات و فناوری ( رئیس هیئت امنا )، رئیس سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور و یا نمایندۀ وی و چهار تا شش تن از شخصیت‌های علمی – فرهنگی که نقش مؤثری در توسعه و پیشرفت مؤسسه داشته باشند و رئیس مؤسسه ( دبیر هیئت امنا ) تشکیل شده است. این هیئت وظایفی را چون: تدوین و تصویب آیین نامه داخلی هیئت امنا،  تصویب سازمان اداری مؤسسه بر اساس ضوابط و مقررات و بررسی و تصویب بودجه مؤسسه که از طرف رییس مؤسسه پیشنهاد می­شود برعهده دارد.

رییس مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ایران هم وظایفی را چون: اداره و هدایت امور مؤسسه و نظارت بر حسن اجرای کلیۀ فعالیتهای آن، پیشنهاد تشکیلات مؤسسه به هیئت امنا، تنظیم و پیشنهاد بودجۀ سالانه به هیئت امنا، تنظیم و پیشنهاد برنامۀ سالانه و پنج ساله به هیئت امنا و ارائۀ گزارش عملکرد سالانۀ مؤسسه به هیئت امنا و وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری برعهده دارد.

شورای پژوهشی مؤسسه از رییس مؤسسه ( رییس شورا )، معاون پژوهشی مؤسسه ( دبیر شورا) ، رؤسای پژوهشکده­ ها و دو تا پنج نفر از اعضای هیئت علمی تشکیل شده است.

وظایف و اختیارات شورای پژوهشی بدین قرارند:
1. تصویب طرح‌ها و برنامه ­های پژوهشی؛
2 . نظارت بر کیفیت و حسن اجرای طرح‌های پژوهشی؛
3 . نظارت بر انتشار نشریات پژوهشی؛
4 . بررسی نیازهای تجهیزاتی، انتشاراتی و پژوهشی؛
5 . تعیین خط­ مشی مؤسسه برای ارتباط علمی با سایر مراکز آموزشی – پژوهشی؛
6 . ارزیابی نتایج فعالیت‌های پژوهشی؛
7 . بررسی و تصویب سفرهای علمی کوتاه مدت و بلند مدت.